本重点实验室在农业种质资源保护与创新、农业优质高效安全生产技术、洪泽湖渔业资源保护与健康养殖、农业资源综合利用与农产品加工、洪泽湖水体污染监控与修复五个领域开展研究：

◆农业种质资源保护与创新

对环湖生态区重要的水稻、小麦等作物种质资源，进行从细胞至基因水平的研究、评价；通过分子标记等现代生物技术手段，结合常规育种技术，选育出一批适合本生态区的高产、优质、多抗、安全的农作物新品种。

◆农业优质高效安全生产技术

结合环湖生态区的环境特点，开展农产品的无公害生产新技术研究与体系集成，研制相关技术操作规程（标准）；研究并完善以生物防治为主体的生产体系，提高无公害生产水平。

◆洪泽湖渔业资源保护与健康养殖

围绕湖泊生态环境保护与渔业发展的和谐统一，开展洪泽湖水生生物资源调查研究、地方特色水产增养殖技术、水产种苗工程、水产动物营养与病害防治研究；建立无公害水产品养殖规范，对水产品养殖进行全程监控。

◆农业资源综合利用与农产品加工

以环湖生态区丰富的水生生物资源、特色植物资源以及生物废弃物料为对象，研究其成分与功能的构效关系及其高效利用技术、精深加工与产业化开发技术等；对农产品及其副产品进行深层次研发，提高生态农业生产的综合效益。

◆洪泽湖水体污染监控与修复

针对环洪泽湖生态环境（水体、土壤等）不断恶化的现状，围绕湖泊生态环境保护的地方迫切需求，开展环洪泽湖生态环境高效监测技术及生态修复关键技术研究，为洪泽湖区域环境保护和生态风险评价提供理论指导和技术支持，并为相关政府部门的科学决策提供依据。